HERSHY'SのAdvent Calendar（本物）の3日目を開けたところ。
NPMおれおれAdvent Calendar 2019 – 03日目

パスは自動で追加されるので、気にせずそのまま実行ファイル名を指定してしまって大丈夫。

例えばこれ↓だけで node_modules/.bin/tsc が（あれば）実行されます。

{
  "scripts": {
    "build": "tsc"
  }
}

同様に npx も書く必要なし。プロジェクトの外、グローバルにインストールされたものを呼び出すってなら必要だけど、ローカルにインストールするべきですよ。

ドキュメントの記載

In addition to the shell’s pre-existing PATH, npm run adds node_modules/.bin to the PATH provided to scripts. Any binaries provided by locally-installed dependencies can be used without the node_modules/.bin prefix.

シェル既存の PATH に加えて、npm run は node_modules/.bin を PATH へ追加してスクリプトへ提供します。ローカルインストールされた依存のバイナリーは、node_modules/.bin 接頭辞なしで利用可能です。

だそうです。