こんなのにハマってしまった。

$ npx babel xxx.js -o xxx.compat.js 
ReferenceError: [BABEL] /path/to/xxx.js: Unknown option: .targets. Check out https://babeljs.io/docs/en/babel-core/#options for more information about options.
…

間違った設定 in package.json :

{
…
  "babel": {
    "presets": [
      "@babel/env",
      {
        "targets": {
          "ie": "11"
        }
      }
    ]
  }
}

修正後:

{
…
  "babel": {
    "presets": [
      ["@babel/env",
      {
        "targets": {
          "ie": "11"
        }
      }]
    ]
  }
}

presets の値を ["@babel/env", {…}] から [["@babel/env", {…}]] にしました。env の設定なんだねー。

参考